Деятельность субъекта внутреннего финансового аудита и членов аудиторской группы основывается на принципах законности, функциональной независимости,объективности, компетентности, профессионального скептицизма, системности, эффективности, ответственности и стандартизации.
Принцип законности выражается в строгом и полном соблюдении законодательства Российской Федерации и правовых актов, регулирующих организацию и осуществление внутреннего финансового аудита.
Принцип функциональной независимости означает отсутствие условий, которые создают угрозу способности субъекта внутреннего финансового аудита выполнять свои обязанности. Принцип объективности выражается в беспристрастности, в недопущении конфликта интересов любого рода при планировании и проведении аудиторских мероприятий, при формировании заключений и годовой отчётности о результатах деятельности субъекта внутреннего финансового аудита. Принцип компетентности выражается в применении субъектом внутреннего финансового аудита совокупности профессиональных знаний, навыков и других компетенций.
Принцип профессионального скептицизма подразумевает критическую оценку обоснованности, надёжности и достаточности полученных аудиторских доказательств и направлен на минимизацию возможности упустить из виду подозрительные обстоятельства, использовать ошибочные допущения при определении характера, временных рамок и объёма аудиторских процедур. Принцип системности заключается в том, что при планировании и проведении аудиторских мероприятий бюджетные и коррупционные риски периодически анализируются по всем бюджетным процедурам. Принцип эффективности означает, что планирование и проведение аудиторских мероприятий должно быть основано на необходимости достижения целей осуществления внутреннего финансового аудита и обеспечения полноты заключения о результатах проведения аудиторского мероприятия путём использования заданного объёма затрачиваемых ресурсов. Принцип ответственности означает, что субъект внутреннего финансового аудита несёт ответственность за предоставление полных и достоверных заключений, выводов и предложений, позволяющих при их надлежащем выполнении достичь цели и задачи осуществления. Принцип стандартизации означает, что внутренний финансовый аудит осуществляется в соответствии с федеральными стандартами внутреннего финансового аудита, а также ведомственными актами.